一群女高中生负责驾驶实战战舰，突然有一天，她们的教官全部消失了。
日本进入“海洋时代”后，成立了专门培养女高中生船员的“蓝色人鱼”学院。活泼开朗的岬明音被任命为“晴风号”驱逐舰的舰长，而她最好的朋友、胆小慎重的萌香则担任航海长。出海实习的第三天，晴风号遭遇暴风雨，与舰队失散。当通讯恢复时，她们收到的第一条命令竟然是：“所有教官已撤离，从现在起你们是正式船员。舰长，请作出你的第一个判断。”明音还没反应过来，雷达上就出现了不明舰艇的信号，而且不止一艘。更诡异的是，晴风号的鱼雷发射管被远程锁定，无法操作。萌香看着海图突然脸色惨白：“明音，我们不在实习海域。我们被送到…争议海域了。”而此时，一个陌生的女声切入了通讯频道：“晴风号，三十秒后若不改变航线，我方将视为敌对行为。”
这部动画最聪明的地方在于，它将硬核的军事知识与少女日常无缝衔接。前半段的校园生活越是轻松，后半段海上遭遇战的压迫感就越强。明音与萌香之间的信任危机与和解，成为了比炮火更扣人心弦的戏剧核心。最后一集的“无指令作战”堪称教科书级别的群像调度。
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